Biserica Mirăuți este considerată de unii cercetători ca fiind una dintre cele mai vechi biserici din Moldova. Arhitectul austriac Karl A. Romstorfer și profesorul Isidor Onciul consemnează o tradiție locală potrivit căreia Biserica Mirăuți a fost fondată de Dragoș Vodă. Alți istorici (printre care Isidor Onciul și Mircea D. Matei) au formulat ipoteza că biserica ar fi fost ctitorită de un conducător politic local, care stăpânea acest teritoriu înainte de mutarea principalei reședințe domnești la Suceava. Nicolae Iorga presupune că feudalul ar fi purtat numele de Mirăuță și sugera că biserica ar trebui numită “a Mirăuțului”, în loc de Biserica Mirăuților.
Folcloristul Simeon Florea Marian a auzit o legendă orală relatată de mai mulți români din Suceava cu privire la întemeierea orașului și a Bisericii Mirăuți. El a publicat-o în Calendariul pe anul 1886 Redigeat și edat de Societatea Academică Ortodoxă (Cernăuți, 1886), sub titlul „Biserica Mirăuțului (tradiție)”, și apoi într-o variantă îmbogățită cu noi detalii în volumul Tradiții poporane românești din Bucovina (Imprimeria statului, București, 1895).
Potrivit acestei legende, pe locul unde se află astăzi orașul Suceava se întindea cândva o pădure deasă de arini, în adâncurile căreia își găsise liniștea un sihastru. Trecând pe acolo în căutarea unui loc pentru pășunat, câțiva păstori l-au găsit pe sihastru, care i-a miruit cu mir pe frunte. Păstorii s-au întors la tovarășii lor și le-au istorisit ce au văzut, iar apoi toți păstorii și-au luat turmele și s-au stabilit în apropierea locuinței sihastrului. În timp, au mai sosit și alți păstori, precum și munteni, și s-au așezat pe acolo locuri, pădurea începând a se rări.
Pe dealul din partea de miazăzi a fost construită o cetate de piatră, iar pe locul unde a fost arborele în care a locuit sihastrul a fost ridicată o biserică de lemn, „și fiindcă săhastrul murise înainte de rădicarea bisericii acesteia, de aceea tăiară și așezară ei și arborele în care a locuit acesta, întrînsa”. La vreo câteva zeci sau sute de ani după aceasta, a avut loc o invazie a căpcânilor („care aveau numai câte un ochi în frunte”) și a tătarilor care au dat foc bisericii de lemn și au dărâmat cetatea. Mai târziu, domnitorul Iuga al Moldovei (1399-1400) a pus să se ridice pe locul unde a fost biserica de lemn o altă biserică de piatră și cărămidă, „cu mult mai mare și mai frumoasă”. Biserica a primit hramul Sf. Mare Mucenic Gheorghe, „și de-atunci și până în ziua de astăzi, biserica aceasta, care acuma (an. 1895) e mai toată ruinată și pustie, s-a numit și se numește biserica Mirăuțului sau simplu Mirăuț”. Tot pe timpul lui Iuga Vodă s-a început și reconstruirea cetății. Cum cetatea era despărțită de biserică printr-o vale adâncă, domnitorul a poruncit să se facă un pod umblător din piei de bivol, care era lăsat atunci când domnitorul și urmașii săi voiau să treacă de la cetate la biserică și apoi era ridicat.
